تم إنشاء قسم إدارة المياه والبيئة في بداية العام الدراسي (1999) بهدف بناء برنامج أكاديمي على مستوى البكالوريوس يهدف إلى تخريج كوادر علمية تشارك في دراسة المشكلات البيئية المحلية وتقديم الحلول لها.
كما تهدف إلى رفد السوق المحلي والعربي بالمواهب المتخصصة في مجالات مثل تخطيط وإدارة وتنمية الموارد المائية والحفاظ على البيئة بكافة عناصرها.
ويتميز القسم على المستوى المحلي والإقليمي بتفرده بتقديم دورات متنوعة وفريدة من نوعها تتناول دراسة المشكلات البيئية وتقديم الحلول المناسبة لها.
يرتبط القسم ارتباطًا وثيقًا بالمجتمع المحلي من خلال إنجاز الأبحاث العلمية التي تساعد في حل العديد من القضايا المتعلقة بالمياه والبيئة والتلوث، خاصة في محافظة الزرقاء التي تعاني من تلوث الهواء والتربة والمياه السطحية والجوفية.