تم تصميم برنامج الماجستير متعدد التخصصات في جامعة ستانفورد في دراسات شرق آسيا للطلاب الذين يخططون لإكمال درجة الدكتوراه. ولكنهم لم يقرروا بعد التخصص المعين الذي يفضلون العمل فيه، وللطلاب الذين يرغبون في الحصول على خلفية في دراسات شرق آسيا فيما يتعلق بالعمل في المجالات غير الأكاديمية مثل الأعمال أو القانون أو التعليم أو الصحافة أو الحكومة خدمة. يسمح البرنامج للطالب ببناء دورة دراسية تناسب الاهتمامات الفكرية الفردية والاحتياجات المهنية، وعادة ما يتم إكمالها خلال عامين؛ يمكن إكمال البرنامج في غضون عام واحد، اعتمادًا على حجم الدورة التدريبية ومقدار التدريب المطلوب على اللغة الأجنبية. يمكن لطلاب اللغات المتقدمة أو الطلاب الناطقين باللغة الصينية أو اليابانية أو الكورية إكمال البرنامج في غضون عام واحد. يتم تشجيع الطلاب المهتمين بممارسة المهن المهنية على التخطيط للحصول على تدريب إضافي من خلال التدريب الداخلي أو برامج الدراسات العليا المهنية الإضافية، بالتزامن مع الحصول على درجة الماجستير في دراسات شرق آسيا.
يتيح برنامج الماجستير للطلاب قدرًا كبيرًا من المرونة في الجمع بين التدريب اللغوي ودراسات المناطق متعددة التخصصات والتركيز التخصصي. يُطلب من الطلاب إثبات إتقان مستوى السنة الثالثة في اللغة الصينية أو الكورية أو اليابانية، وفقًا لتركيز مجال البحث الخاص بهم (إما من خلال الدورات الدراسية في جامعة ستانفورد أو الاختبار في السنة الرابعة أو أعلى في اختبارات تحديد مستوى اللغة في جامعة ستانفورد)، للتسجيل في برنامج 3 - دورة أساسية للوحدة في دراسات شرق آسيا في ربع الخريف من السنة الأولى، وإكمال ما لا يقل عن ثماني دورات إضافية لدراسات المنطقة على مستوى الدراسات العليا. من بين الدورات التدريبية التسع المطلوبة (بما في ذلك الدورة الأساسية المكونة من 3 وحدات)، يجب أن تكون ثلاث منها في قسم واحد أو في نفس التركيز الموضوعي. مطلوب أطروحة ماجستير، وعادة ما تكون عبارة عن توسيع لورقة مكتوبة لندوة أو ندوة للدراسات العليا.

