يعتمد منهج الدكتوراه على نقاط القوة في برنامج درجة الماجستير من خلال التركيز على محورين:
- آثار المجتمعات المعقدة، المتعلقة بظهور وانتشار الحضارات المبكرة في الأمريكتين، و
- الأنثروبولوجيا الطبية، دراسة تأثير العلاقات الاجتماعية والثقافة على التكيف النفسي والبيولوجي.
تم تصميم برنامج الدكتوراه لإعداد الخريجين بالمهارات اللازمة للانتقال بسهولة إلى المناصب الأكاديمية أو غير الأكاديمية.

