برنامج الهندسة البيئية بجامعة هيوستن هو برنامج هندسي متعدد التخصصات للخريجين داخل كلية كولين للهندسة، ومقره إداريًا في قسم الهندسة المدنية والبيئية. البرنامج وأعضاء هيئة التدريس فيه معروفون عالميًا بأبحاثهم وتعليمهم في مجال المياه، ومياه الصرف الصحي، وعلم الأحياء الدقيقة، والمعالجة الحيوية، ومعالجة التربة والنفايات الخطرة ونمذجةها، والجسيمات المحمولة جواً.
يقدم برنامج الهندسة البيئية درجة الماجستير في العلوم (MS)، مع خيارات الأطروحة وغير الأطروحة.
تمت جدولة الدورات لاستيعاب الطلاب بدوام جزئي وبدوام كامل؛ يمكن عادةً إكمال 24-30 ساعة من الدورات الدراسية المطلوبة في سنة تقويمية واحدة بدوام كامل أو ثلاث سنوات من الدراسة بدوام جزئي. يمكن لطلاب الأطروحة بدوام كامل عمومًا إكمال درجة الماجستير في العلوم خلال عامين من الدراسة المتتالية.