يقدم برنامج الدراسات العليا لعلوم المياه العذبة والبحرية (FMS) مناهج دراسية تؤدي إلى درجة الماجستير في العلوم والدكتوراه في الفلسفة أو درجة الدكتوراه الفرعية في علوم المياه العذبة والبحرية. متعدد التخصصات بطبيعته، حيث يوفر كل برنامج دراسي فردي تدريبًا للخريجين في العلوم المائية ويدمج العلوم ذات الصلة. يتم تقديم المشورة للطلاب المسجلين في البرنامج من قبل أعضاء هيئة التدريس في العديد من الأقسام في كلية الآداب والعلوم، وكلية الهندسة، وكلية العلوم الزراعية والحياة، وكلية الطب البيطري.
جامعة ويسكونسن ماديسون معترف بها عالميًا كشركة رائدة في مجال علم الليمون والبيئة المائية. بدأ برنامج FMS في عام 1962 كبرنامج لعلم المحيطات وعلم البحار. يجمع البرنامج بين البحث والتدريس من عدة مجالات وأقسام لتطوير فهم أكبر للأنظمة المائية وأصولها وسكانها وظواهرها وتأثيرها على حياة الإنسان.
يركز برنامج FMS على الدراسات الليمونولوجية ويستند إلى فرضية مفادها أن علم الليمون والعلوم البحرية هما مجالان متكاملان يتطلبان قاعدة واسعة في التخصصات الأساسية. قد يتخصص الطلاب في علم الليمون أو في العلوم البحرية، أو قد يركزون على العمليات المشتركة في كلتا البيئتين.
يتم تصميم الخطط الدراسية بشكل فردي لكل طالب من قبل لجنة التوجيه والتقييم المكونة من ثلاثة أعضاء هيئة تدريس على الأقل بما في ذلك الأستاذ الرئيسي، وأستاذ آخر من مجال الاهتمام الرئيسي، وثالث من تخصص آخر. يجب أن يكون اثنان على الأقل من كلية علم الليمون وعلوم البحار، وواحد من العلوم البيولوجية، وواحد من العلوم الفيزيائية. وتقوم اللجنة بتوجيه الطالب في تطوير الخطط الدراسية والبحثية والأهداف المهنية.
مرافقتتوفر مرافق لأبحاث المياه العذبة والبحرية والتعليم في المجالات البيولوجية والكيميائية والفيزيائية لعلم الليمون والعلوم البحرية في جامعة ويسكونسن ماديسون من خلال مركز علم الليمون ومختبر علوم وهندسة المياه وأقسام هيئة التدريس المشاركة في البرنامج. يحتفظ مركز Limnology أيضًا بمختبر على مدار العام في بحيرة Trout. هذا المرفق عبارة عن محطة ميدانية بيولوجية مجهزة تجهيزًا جيدًا في منطقة بحيرة المرتفعات الشمالية بولاية ويسكونسن. تتوفر العديد من السفن البحثية للبحث في منطقة البحيرات الكبرى. تُستخدم السفن التابعة لمؤسسات أخرى في الأبحاث الميدانية الأوقيانوغرافية.