تم تصميم برنامج Microbe-Host Interactions لتوفير أحدث التدريب في علم الجراثيم الحديث، وعلم الفيروسات، والخلايا المضيفة والاستجابات المناعية للميكروبات، وعلم الوراثة الجزيئية والتسبب في الأمراض، والتكنولوجيا الحيوية. توفر الخبرة البحثية في مجال معين الأساس للأطروحة. يدخل الطلاب عادةً عبر برنامج الدراسات العليا متعدد التخصصات في العلوم الطبية الحيوية، حيث يقومون بالتناوب في مختبرات أربعة من أعضاء هيئة التدريس قبل اختيار مجال الدراسة. يمكن البدء بأبحاث الأطروحات في أي من المجالات التالية:
- التسبب في البكتيريا، وآليات عمل السموم ومقاومة الأدوية (كاسات، كوفر، هادجيفرانجيسكو، لاسي، ميريخ، بيك، شميتز، سكار، سبيلر، تشو)؛
- علم وظائف الأعضاء البكتيرية والتمثيل الغذائي (براتون، بيندلوس، كاسات، هادجيفرانجيسكو، شميتز، سكار، تشو)
- دور الكائنات الحية الدقيقة المعوية في الصحة والمرض (Byndloss، Olivares-Villagomez، Zhu)؛
- البيولوجيا الجزيئية للتفاعلات مع مضيف الفيروس (Aiken، Ascano، Crowe، Denison، Karijolich، Ogden)؛
- الاستجابات المناعية للعدوى البكتيرية والفيروسية والفطرية (ألجود، كرو، جورجييف، جويس، كلامس، مالال، رولينز سميث، شيروود، فان كير، ويلسون)؛
- علم الوراثة الميكروبية أو وعلم الجينوم (أيكن، براتون، بوردنشتاين، كرو، جورجييف، هادجيفرانجيسكو، ميريخ، أوغدن، كاريجوليتش، سكار، شميتز)؛
- بنية البروتين وعلم البروتينات (لاسي، سبيلر).
يتم التركيز على الأبحاث الأساسية التي تهدف إلى فهم الآليات الجزيئية للعدوى الميكروبية والخلية المضيفة والدفاعات المناعية. لا يتم تشجيع الطلاب الذين تركز اهتماماتهم في المقام الأول على الجوانب البيئية أو التصنيفية لعلم الأحياء الدقيقة على التقديم.