بالإضافة إلى درجة الماجستير الممنوحة ضمن برنامج الدكتوراه، يقدم NELC درجة ماجستير مستقلة (نهائية) في حضارات بلاد ما بين النهرين. يقدم برنامج الدراسات العليا في NELC في حضارات بلاد ما بين النهرين دراسة متقدمة للغات وفقه اللغة في بلاد ما بين النهرين القديمة بالإضافة إلى تاريخ وآثار تلك المنطقة في سياق الشرق الأدنى.
يتم تعيين مستشار هيئة التدريس للطلاب المقبولين في برنامج الماجستير لتوجيه دراستهم. عادة ما يتم إكمال الدورات، التي يتم اختيارها بالتشاور مع المستشار، في ثلاثة فصول دراسية. يجب على جميع الطلاب، بغض النظر عن تركيزهم، إتقان لغة واحدة على الأقل من اللغات التي كتبت بها المصادر الأساسية للحقول الفرعية لـ NELC. تختلف المعايير حسب الحقل الفرعي.
